MAN 2 Kuningan merupakan lembaga pendidikan di bawah naungan Kementerian Agama yang menerapkan perpaduan antara kurikulum kementerian Pendidikan dan Kebudayaan serta kurikulum Kementerian Agama. Selain menerapkan kurikulum dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan seperti SMA umum lainnya, MAN 2 Kuningan juga menggunakan kurikulum dari Kementerian Agama untuk penguatan dalam bidang keagamaan.
Dengan penerapan dua kurikulum ini, pelajaran di MAN 2 Kuningan meliputi dua rumpun mata pelajaran umum dan rumpun pelajaran agama. Rumpun pelajaran umum meliputi pelajaran yang sama dengan pelajaran di SMA lainnya. Rumpun pelajaran agama meliputi Alquran Hadits, Fiqih, Aqidah Akhlak, SKI, dan Bahasa Arab. Dengan penggunaan kurikulum dari kementerian agama ini, MAN 2 Kuningan memiliki kelebihan dibandingkan dengan sekolah umum lainnya terutama dalam bidang keagamaan.
Selain itu, MAN 2 Kuningan pun berupaya untuk menjadi lembaga yang religius sebagai pencetak lulusan yang bertaqwa dan berakhlakul karimah. MAN 2 Kuningan selalu berusaha untuk menjadi lembaga yang memiliki keunggulan dan menjadi dambaan serta pilihan pertama masyarakat.